답변하시는 분이 수준에 맞게 설명해주시도록, 글쓴분께서 한의학을 어디까지 공부하셨는지 알려주시는 편이 좋겠습니다.

현대의 자연과학적인 기전설명은 거의 전무한 상황입니다.

한의학에서 행해지는 모든 침술을 한번에 설명할 수 있는 이론은 없지만 (앞으로도 하나의 이론으로 설명하기는 힘들 것이구요) 이미 수십년 전부터 gate control을 비롯 endogenous opioid, diffuse noxious inhibitory system 같은 CNS레벨에서의 설명과 peripheral opioid, adenosine A1 receptors 등 PNS레벨에서의 설명까지 많은 연구가  나와있습니다. 한번에 복합적인 인체구조물에 영향을 미치는 침술의 특성상 현재의 연구수준에서 완전한 설명이 힘든 부분이 있겠지만...말씀하신 것처럼 자연과학적인 기전설명이 전무하다고 하는 것은 오해의 소지가 있습니다.

기회가 되신다면 비매품이라 구하기는 어렵지만 "침의 서양의학적 접근과 임상"을 읽어보셨으면 합니다. 이 책의 관점에서는 활동전위가 말초에서 중추신경계로 전달됨에 따라 나타나는 인체의 화학적 변화를 침의 효능이라 보았습니다. 아마 학교 기초 교수님께 빌리실 수 있을 것입니다. 정 구하기 힘드시다면 정담에서 나온 "과학적으로 논증한 임상침구학" 을 읽어보셔도 됩니다.

쉬운 설명이 있어 <통속한의학원론-조헌영>인용합니다.
 가령 내장에 질병이 있을 때 그 내장에는 음성 전위가 높아지고 그 반대의 극이 반드시 인체의 표면에 위치해 거기에 양성 전위가 높아집니다.
 이 양성 전위가 높아진 부분이 한의 경락학으로 따져서 침이나 뜸의 혈처가됩니다. 그 양성 전위가 높아진 부위에 자극을 주어서 전위를 중화시키는 것이 핵심입니다.